2003年中科院和香港裘槎基金会（The Croucher Foundation）联合设立了中科院——裘槎基金会联合实验室资助计划，为我院与香港的联合实验室提供支持。香港裘槎基金会是香港唯一一个支持自然科学的私人基金会，它不隶属于香港任何组织机构，其基金款项完全来自于基金会在世界各地不同领域之投资收益。基金会通过授予奖励给为香港做出杰出贡献的科学家，从而提升香港自然科学、科技和医学研究水平。该计划自2004年开始，每两年执行一次，经过海内外专家对申请项目进行评审，每次资助2-3个科研项目，资助额度为300万港元，主要资助对象为我院认可的联合实验室，且获得该计划资助的联合实验室各自所在单位支持20%的经费匹配。第一届获得资助的项目3个，资助总额度为300万港元，分别为：110万、110万和80万。第二届有3个项目获得300万港元的资助，分别为：100万、104万和96万。2008年在原有基础之上，适当扩大了申请范围，5个现有联合实验室和14个拟建立联合实验室的合作团队提交了项目申请。该计划资助总额度也由最初的300万港元增加至500万港元，共有5个项目获得了资助，各100万。我院也对2008年获得裘槎基金资助的5个项目以重点项目的形式给予了30-50万元的支持。